De godsdienstoorlogen luidden het einde in van deze bloeiperiode, maar de schapenfokkerij, die veel gemakkelijker te beoefenen en veel winstgevender was dan het verbouwen van graan, bleef de belangrijkste agrarische activiteit in Sologne.Rond 1850 werd het totale aantal schapen in Sologne op 300.000 stuks geschat. Het schaap vormde toen vrijwel de enige bron van inkomsten voor de boeren in de Solognestreek, waar grootgrondbezit overheerste. Alleen het Solognote-schaap was opgewassen tegen de barre omstandigheden van de omgeving (vochtigheid, schrale begroeiing). De schapenteelt was zeer extensief, de dieren liepen niet op een weide.Toen men de Solognestreek ging bemesten met slib uit het Kanaal van Sauldre, talrijke wegen ging aanleggen, het open afwateringssysteem ging veranderen en tot herbebossing overging, betekende dat een flinke slag voor de schapenfokkerij omdat men de uitgestrekte gebieden die nodig waren om de schapen te laten grazen niet meer kon exploiteren.
Zodoende daalde het aantal schapen tot 50.000 in 1910. Pas vanaf 1940 zien we weer een opleving van het Solognote-schaap. Men gebruikt nieuwe fokmethodes waarbij men de schapen ofwel 's zomers op een wei laat grazen en ze 's winters op stal zet ofwel ze het hele jaar buiten laat lopen op een omheind terrein en krijgen 's winters hooi bijvoert.
